Les obres del projecte d’estructura consten de dues fases principals, la primera d’elles consistent en la posada en servei dels corredors ferroviaris de rodalies de les línies Barcelona-Mataró i Barcelona-Granollers-Sant Celoni per l’interior de la futura estació. La segona servirà per a la posada en servei del corredor d’alta velocitat, també per l’interior de la futura infraestructura.
En aquestes dues fases, el projecte contempla l’execució de la llosa inferior, la reubicació de les línies ferroviàries d’ample convencional existents sobre la llosa, l’execució de forjats per aparcaments, vestíbuls i ressituar la Línia d’Alta Velocitat, així com l’execució de la coberta de l’estació.
L’estació de la Sagrera tindrà una longitud de 550 metres i una amplada de 80 metres per al nivell de rodalies i 130 per al d’alta velocitat. La zona de rodalies tindrà capacitat per a 8 vies i 4 andanes i 130 metres mentre que a l’espai d’alta velocitat hi haurà fins a 10 vies i 5 andanes. La superfície arribarà als 259.000 m2 i a més s’executarà una cimentació per a 180.000 m2 d’edificis destinats a ús terciari.
En el marc de les obres la llosa inferior, es realitzarà la neteja i adequació dels fons de la part ja excavada. També s’acabaran els treballs pendents d’excavació per a l’execució de la llosa i les galeries inferiors.